A Receita Federal do Brasil informa os procedimentos para correção de erro no PGD:

DCTF Mensal (Entrega com Certificado Digital)

	Opção em arquivo único, para cópia no disco rígido
	Opção em cinco arquivos, para cópia em disquete

Os contribuintes que já instalaram a versão 2.4 da DCTF devem gravar cópia de segurança das declarações criadas, desinstalar a versão 2.4 do programa e instalar a versão 2.4A.
Antes de iniciar a transmissão, certifique-se de que houve a gravação de novo arquivo para entrega à RFB com a utilização do aplicativo atualizado (versão 2.4A).

http://www.robertodiasduarte.com.br/index.php/pgd-dctf-2-4a-instrucoes-para-correcao-de-erro/